Untuk mecapai VISI tersebut SMA Islam Al Azhar Pontianak mengembangkan MISI sebagai berikut :
1. Menciptakan iklim sekolah yang bernuansa Islami, bertumpu pada Imtak untuk meningkatkan keimanan dan ketakwaan.
2. Melaksanakan penanaman pembiasaan perilaku sebagai pribadi muslim yang berakhlaqul karimah berdasarkan Al Qur’an, Hadits dan keteladanan Nabi Muhammad SAW.
3. Mengembangkan Kegiatan yang membangun kecerdasan spiritual, berfikir positif dalam bertindak.
4. Mengembangkan seluruh potensi murid agar memiliki nilai – nilai Imtak, menguasai Iptek, tangguh, kompetitif dan peduli pada lingkungan.
5. Menumbuhkembangkan wawasan berfikir agar dapat mengembangkan prestasi dan keunggulan diri secara optimal baik di tingkat Nasional maupun di tingkat International.
6. Meningkatkan sumber daya dan sarana secara terpadu demi pelayanan terbaik dalam menyiapkan murid memasuki pendidikan tinggi di tingkat Nasional dan Global.